8פרקי החלק השלישי הם נ"ד ואלו הם:
| פרק א' ידוע שמבני אדם | פרק ט"ו לנמנע טבע קיים |
| פרק ב' זכר שראה ארבע חיות | פרק י"ו דברו הפילוסופים |
| פרק ג' כאשר זכר יחזקאל | פרק י"ז דעות בני אדם |
| פרק ד' צריך להעירך על עניין | פרק י"ח ואחר מה שהקדמתיו |
| פרק ה' ממה שצריך שתתעורר | פרק י"ט מושכל ראשון הוא |
| פרק ו' דע שזה העניין הנכבד | פרק כ' עניין מוסכם עליו |
| פרק ז' מכלל מה שצריך | פרק כ"א הפרש גדול יש |
| פרק ח' כל הגשמים ההווים | פרק כ"ב עניין איוב המופלא |
| פרק ט' החומר, מחיצה גדולה | פרק כ"ג כאשר הונח זה |
| פרק י' אלו המדברים | פרק כ"ד עניין הנסיון גם כן |
| פרק י"א אלו הרעות | פרק כ"ה הפעולות ייחלקו |
| פרק י"ב הרבה פעמים | פרק כ"ו כמו שחלקו חכמים |
| פרק י"ג הרבה נבוכו השלמים | פרק כ"ז כוונת כלל התורה |
| פרק י"ד ממה שצריך גם כן | פרק כ"ח ממה שצריך |
| פרק כ"ט ידוע שאברהם אבינו | פרק מ"ב המצוות אשר כלל |
| פרק ל' כשתשתכל בדעות | פרק מ"ג המצוות אשר כלל |
| פרק ל"א מבני אדם אנשים | פרק מ"ד המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ב כשתתבונן בפעולות | פרק מ"ה המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ג מכלל כוונות התורה | פרק מ"ו המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ד מה שצריך שתדעהו | פרק מ"ז המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ה ראיתי לחלק המצות | פרק מ"ח המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ו המצוות אשר כלל | פרק מ"ט המצוות אשר כלל |
| פרק ל"ז המצוות אשר כלל | פרק נ' יש כאן דברים |
| פרק ל"ח המצוות שכלל אותם | פרק נ"א זה הפרק אשר |
| פרק ל"ט המצוות אשר כללם | פרק נ"ב אין ישיבת האדם |
| פרק מ' המצוות אשר כללם | פרק נ"ג זה הפרק כולל |
| פרק מ"א המצוות אשר כלל | פרק נ"ד שם חכמה נופל |
נשלמו נ"ד פרקים של החלק השלישי של המורה ועלה הכלל הנמצא בשלשת חלקי הספר בין כולם קע"ז פרקים.
הנה כבר פתחנו פתח מועיל מאד במה שכוונתנו להעיר עליו בספר זה בכתיבת ראשי כל פרקי "המורה" פה, כדי שימצאם הקורא מזומנים לפניו וידע מקום הפרקים אשר נשלחהו אליו בקלות כל חלק וחלק. וצריך המעיין בספר זה שלא יאשימנו על זה המעט אשר הארכנו בהתחלתו, ולא על מה שיבוא לפנינו מן האריכות, כי החיים כשהם חושבים להוסיף יום או שבוע או שנה וכל שכן שנים רבות כל ימי חייהם הם שמחים שמחה גדולה, ואע"פ שלא יכירו באריכות ימיהם תועלת אמיתית נצחית, וכשיגיע זמנם למות ידאגו דאגות גדולות. כל שכן למכירים חיי נצח שיודעים שאריכותם ומעלתם בתוספת חכמה 10תמיד. וראוי הוא שכל מה שימצאו דבר חכמה באורך שישמחו בו שמחות גדולות כי בו תוסיף ותגדל מעלתם בכל עת. ואם כן הוא חיוב על המעיין לאשרנו על האריכות שיוסיף ללב חכמה ותועלת חיי עד, ככתוב "כי בי ירבו ימיך ויוסיפו לך שנות חיים" (משלי ט' יא'). ואחר שכתבנו מה שעלה במחשבתנו לכותבו בעניין פרקי "המורה" והודענו כוונתנו על זה, נתחיל עתה לכתוב עוד כלל כל הסודות הנמצאים בספר כפי מה שקבלנום מפי חכמי הדור רבותינו השם יחיים. ונאמר שגם עשותנו בהם כאשר עשינו לפרקי הספר, הוא עניין מועיל מאד. והוא מפני שיימצאם המעיין בפירוש זה, מובנים ומסודרים זה אחר זה, כדי שיעוררם קצתם על קצתם, מהם תכלית הכוונה במציאותם. ונכתוב גם כן מה שבשלשת החלקים בראש זה הספר ולא נצטרך עוד להשיבם בשני החלקים האחרים, ויורה דרך למשכילי המורה למצוא מקומות נסתריו, מהם בכלל ומהם בפרט. וכלל הסודות הם ל"ו, ואשר ישים דעתו עליהם להבינם בעיון ולהשיג הכוונה מהם, גאולה תהיה לו.
Editor's note: החלק הראשון מהם סודותיו י"ד ואלו הם:
| סוד א' צלם ודמות | סוד ח' חיי הנפש |
| סוד ב' שיתוף שם בן | סוד ט' כנפיים |
| סוד ג' עניין הכסא | סוד י' שם התואר |
| סוד ד' פקידה וזכירה | סוד י"א שם העצם |
| סוד ה' התחלה וסבה | סוד י"ב דיבור וחבריו |
| סוד ו' מלאך ושכל | סוד י"ג ממשלת הרוכב |
| סוד ז' פנים ואחור | סוד י"ד בלבול הדתות |
Editor's note: נשלמו י"ד סודות של החלק הראשון.
Editor's note: 11החלק השני סודותיו י"ב ואלו הם:
| סוד א' כח ופועל | סוד ז' קריאת שם |
| סוד ב' השבח האמיתי | סוד ח' אבני שיש טהור |
| סוד ג' שפע | סוד ט' מים העליונים |
| סוד ד' חידוש העולם | סוד י' גן עדן ועציו |
| סוד ה' סוד מעשה בראשית | סוד י"א מועד שבת וכיפור |
| סוד ו' שמים וארץ | סוד י"ב הנבואה |
Editor's note: נשלמו י"ב סודות של החלק השני.
Editor's note: החלק השלישי סודותיו י' ואלו הם:
| סוד א' סתרי תורה | סוד ו' ידיעת השם והשגחתו |
| סוד ב' מעשה מרכבה | סוד ז' עניין הנסיון |
| סוד ג' החומר והצורה | סוד ח' טעמי המצוות |
| סוד ד' הרעות והטובות | סוד ט' סיפורי התורה |
| סוד ה' תכלית היצירה | סוד י' עבודת ה' ית' מאהבה |
Editor's note: נשלמו י' סודות של החלק השלישי.
ומעתה אחל לפרש בע"ה כל דבר על בוריו, ואכתוב כל סוד וסוד במקומו הראוי לו, ואעורר על המקומות המודיעים ענייני הסוד, ואכתוב סימני הפרקים שבם נרמז או התגלה בביאור. וכשהפרקים רבים אכתוב מהם קצתם, עד שיספיק מה שאעורר עליו למי שהוא חפץ להחיות הוד הנפש ולהמשיך אורה ולהתמיד הדרה. ולפעמים יזדמן סוד שהוא נעלם יותר מזולתו ואצטרך לאמתו במופתים זרים מדעות חוקרי מדע, כלומר 12שאאמתהו בדרכים הנקראים אצלנו מופתיים תוריים, והם מכלל דרכי צירוף האותיות. וסודם אשר לא יתאמתו להרבה מן המעיינים מפני שלא השיגו סתריהם ולא דבר מדבריהם. ואמנם יתאמתו למעט ממשכילי הקבלה האלהית והם אשר הצליחם השכל המיישר כל עקום, והוא השכל הפועל, אשר הודיעם לנו תכלית ידיעה אמיתית. ואם יאמר אומר במה ידעתם אתם שהשכל הודיעה ואינה ממחשבותיכם לבד, שהרי גם אני אעשה בהם ראיות שקריות לאלפים ולרבבות, כי הצירוף מקבל טוב ורע ושקר ואמת, ואני ארצה להטעות בני אדם ואורה לכם על פי דרך ראיותיכם שהאמת שקר והשקר אמת, וכן שהטוב רע והרע טוב. ואם כן אין הבחינה בצירוף ולא בשאר דרכיו הרבים לאמת בו דבר או להבדיל בו בין אמת ושקר וטוב ורע, נאמר לו אנחנו ולא נבקש לחלוק על האמת. כי אין בעלי האמת מכלל הכתות המהפכות כוונת דרכי הנבואה, אשר אמר עליהם הנביא "הוי האומרים לרע טוב ולטוב רע שמים חשך לאור ואור לחשך שמים מר למתוק ומתוק למר" (ישעיה ה' כ').
אבל אנחנו ידענו באמת בשלשת דרכי המופת שהם אצלנו מופתים בלא שום ספק ברורים בתכלית הביאור. והם מופתים מורגשים בחושים ומופתים מושכלים בשכלים האנושים ומופתים מקובלים מפי השכל הנקרא אישים, שכל מה שעלה בידינו מהצירוף הוא עניין המביאנו להשיג עניין הבדל האמת מן השקר ולדעת עניין הבדל הטוב מן הרע. וזאת היא אמיתת כוונת כל צירוף, ועל זה ימצאו בו ההפכים, לצרף בו כל הלבבות. ועל כן נקרא בזה השם שהוא מצרף הדעות ובוחן כליות ולב כמו שכתוב "מצרף לכסף וכור לזהב ובחן לבות 13יהוה" (משלי יז' ג'). ונאמר עוד "צרופה אמרתך מאד ועבדך אהבה" (תהלים קיט' קמ'). ועוד נאמר "אמרת יהוה צרופה מגן הוא לכל החסים בו" (תהלים יח' לא'). ואנחנו נקבל הטוב ממנו ואת הרע לא נקבל, כמו שאמר הכתוב "את הטוב נקבל מאת האלהים ואת הרע לא נקבל" (איוב ב' י'). ואחר שהוא כן אנחנו נבטח בשם ונתחיל בספר בעזרת הצור.